由于SCI收录并统计了期刊和论文的被引证资料，因而其在具备其他专业性检索系统所具有的文献检索功能以外，还绝无仅有地具备期刊和论文的影响力评估、科研绩效评价等功能。目前，SCI的应用方面大致有：
由于ISI 建立的数据库具有学科全面、学术影响大、覆盖的国家广泛等特点，因而被其收录检索的期刊和论文常被称作国际主流期刊(Mainstream journals)和国际主流科学(Mainstream science)。国际上的科学计量机构及国际性组织在对国家或科研机构的科研能力及绩效评估工作中，常用ISI 的数据库作为统计源。
大量的文献计量学研究结果表明，相对较小量的期刊发表了大量的科学研究成果，对于所有学科来说，全部的核心期刊皆存在于约2000种期刊中。例如，2006年JCR收录的6165种科技期刊中，发表论文数处前10%的期刊(617种)占总发表论文数的45.3%，被引频次处前10%的期刊占总被引频次的66.3%。
ISI每年发布的JCR将收录的所有期刊分为约160个研究领域，并将每个领域的期刊按影响因子的大小排序，从而使得不同学科的图书馆可以很方便地利用有限的资金征订相对重要的刊物。Garfield博士甚至推算，大约500种期刊即可满足发展中国家的综合性图书馆的基本需要。
由于期刊的影响因子和被引频次的大小最直接地表征了期刊的被利用程度(影响力)、显示度及潜在的读者数，因此，科研人员可根据这些引证指标来有效地选择自己用来收藏和经常阅读的期刊，以确保及时地了解所从事领域的主要研究进展。此外，作者也可根据自己的稿件内容和期刊的引证指标来权衡投稿方向，使自己的稿件在最合适的期刊上得到发表，并在同行中得到有效地交流。
同样，期刊编辑和编委可通过期刊的各项引证指标及期刊的自引、他引情况，分析相关期刊的学术地位、读者群的学科分布、与其他同类期刊间的关系，等等。
统计分析表明，不同学科期刊的影响因子和总被引频次差别很大，这一方面与不同学科的引证行为(如论文中参考文献数目、论文被引半衰期等)有关，另一方面也与不同领域研究群体和相关期刊数目的大小密切相关。
由于SCI不仅检索、收录了不同学科的研究论文，同时也详尽地检索、统计了这些论文的被引用情况，这就使得科研人员、政府的科技决策部门和科学基金资助部门可以较方便地通过论文的产出及引证状况来追踪特定研究领域的国际研究热点，并进而由论文的产出及引证的演变来预测相关学科的发展趋势。
一篇有价值的科研SCI论文如果以中文发表在某个地方刊物上，它的价值受到国际同行认可的机会就相对较小。而SCI论文的评价过程公平、透明，其具有的权威性及影响因子是地方刊物所不能比较的。学术论文是否被SCI收录或引用的频次，已被科学界作为评价学术水平的一个重要标准。
世界上最著名、最有影响力的SCI论文大多数是在英文期刊发表并由SCI收录，因此，发表SCI论文是与国外同行进行学术交流的前提。SCI论文报道了某个领域领先的科研成果，在特定领域科研起到交流信息、传播技能、展示自我、探讨经验的作用。
SCI论文写作过程中，作者需要阅读大量的相关专业文献，进行细致反复的研究实验后，通过整理、综合、分析、判断、推理等方法，将所得到的数据结果写成一篇文章。这个过程不只是提高了自身的知识、开阔了科研思维，而且还为今后从事科研工作打下坚实的基础。
正因为SCI论文如此重要，对从事科研工作的同仁来说，能不能撰写一篇被SCI收录的学术论文，就代表着他是否进入了这一领域的国际学术前沿行列，能不能在这一公开平台上与全世界科研工作者进行竞争，有网友调侃，大家以后见面的第一句话会不会就是“今年你SCI了吗？不发你就out了！”
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