来围观一下中国作者发表的研究数据 BMC Research Notes

　　 期刊：BMC Research Notes

　　 微信链接：https://mp.weixin.qq.com/s/XYUw6-B3OgAyDM_ec2JSYg

　　 BMC Research Notes 主要发表经过同行评审后的科学有效的实验结果和数据描述，这是其他很多期刊所不具备的。作为研究数据发表平台，我们坚信：我们相信即使是简单的观察性研究结果，只要合理，就值得拥有一个发表的平台。本刊已被MEDLINE, PubMed, PubMed Central, SCImago, Scopus等数据库收录。

　　 我们为大家整理了发表在BMC Research Notes 上来自中国作者的研究，欢迎围观、分享。如果您还想了解本刊的更多文章，欢迎点击此处免费浏览、。

使用CRISPR/Cas9使大豆中的种子贮藏蛋白基因发生突变

　　 Mutagenesis of seed storage protein genes in Soybean using CRISPR/Cas9

　　 Chenlong Li et al.

　　 DOI: 10.1186/s13104-019-4207-2

　　 大豆是全球范围内食品和工业中的重要植物蛋白来源。伴大豆球蛋白（Conglycinin, 7S)）和大豆球蛋白（glycinin, 11S）是由一小组基因编码的两大类贮藏蛋白，约占总大豆种子蛋白的70％。在某些育种计划中，这些基因的突变等位基因通常是必需的，因为这些蛋白亚基的相对丰度可能会影响氨基酸组成和豆类食品的特性。本研究旨在使用发根农杆菌（Agrobacterium rhizogenes）介导的毛状根培养系统测试CRISPR/Cas9体系在编辑大豆贮藏蛋白基因中的效率。

　　 作者设计了多个sgRNA并测试了它们靶向9个主要贮藏蛋白基因中的表现，经检测发现大豆毛状根中有3种贮藏蛋白的基因发生了突变，突变比例为3.8％至43.7％。该研究为将来大豆育种者改造/开发具有种子贮藏蛋白突变的变体提供了强有力的工具。

　　 点击此处，阅读论文。

　　 Mutagenesis of seed storage protein genes in Soybean using CRISPR/Cas9

从中国包头市一医院分离得到的肠球菌属中获得性耐药基因的分布情况分析

　　 Distribution of acquired antibiotic resistance genes among Enterococcus spp. isolated from a hospital in Baotou, China

　　 Yingjie Tian et al.

　　 DOI: 10.1186/s13104-019-4064-z

本研究分析了从中国包头一医院患者中分离得到的肠球菌属中获得性耐药基因的分布情况。2016年12月至2017年9月期间一共从临床标本中收集了73个肠球菌分离株，包括36个（49.3％）屎肠球菌（E. faecium）、35个（47.9％）粪肠球菌（E. faecalis）、1个（1.4％）鹑鸡肠球菌（E. gallinarum）和1个（1.4％）棉子糖肠球菌（E. raffinosus）。肠球菌对呋喃妥因、四环素、庆大霉素（高水平）、氨苄青霉素、环丙沙星和红霉素的耐药率分别为24.7％、49.3％、50.7％、54.8％、74.0％和89.0％。最常见的氨基糖苷类耐药基因为aac(6′)-Ie-aph(2″)-Ia (64.9%)和aph(3′)IIIa (64.9%)。最常见的红霉素核糖体甲基化基因为rm(B) (67.7%)，其次为erm(A) (4.6%)和erm(C) (1.5%)。所有耐四环素的肠球菌中均存在耐药基因 tetM。因此，屎肠球菌和粪肠球菌被确定为是包头市医院获得性肠球菌感染最主要的病原菌种类。肠球菌分离株中最常见的耐药基因为 aac(6′)-Ie-aph(2″)-Ia、aph(3′)IIIa、tetM和erm(B) 。要想有效控制多重耐药性肠球菌的感染，有必要采取措施强化对细菌耐药性及耐药基因的监测。

　　 点击此处，阅读论文。

　　 Distribution of acquired antibiotic resistance genes among Enterococcus spp. isolated from a hospital in Baotou, China

短信干预服务对糖尿病前期患者的长期影响：

一项为期5年的随机对照试验后观察性研究

　　 Five-year effectiveness of short messaging service (SMS) for pre-diabetes

　　 Carlos K. H. Wong et al.

　　 DOI: 10.1186/s13104-018-3810-y

　　 通过观察性的随机对照试验后研究评估了2年短信服务（SMS）从长远角度是否有助于糖尿病前期患者保持血糖、血脂水平以及减少其3年内发展为糖尿病的风险。SMS干预研究是一项为期2年的随机对照试验，旨在探索SMS是否能够改善糖尿病前期患者的病情及临床结果。作者在该研究项目结束后对研究的104名受试对象进行了长期随访。所有的受试对象在SMS干预结束后5年时接受了糖尿病筛查。本研究的主要结果为随访期间糖尿病的累计发病率，次要结果为5年随访期内糖尿病前期患者的生化指标变化。

　　 研究平均随访时间为57个月，有19例患者在随访过程中失访，失访率为18.3%。干预组和对照组分别有20和16名患者发展成糖尿病，两组之间无明显差异（干预组和对照组的新发糖尿病率分别为8.08/100人年和7.31/100人年；干预组的风险比为1.184；95%置信区间为0.612-2.288；p值为0.616）。在整个研究群体和各亚组中均未发现SMS能显著降低糖尿病的发生。SMS在干预期间具有一定的积极作用，但其影响仅限于干预措施终止2年内。试验注册号：NCT01556880（于2012年3月16日回顾性注册）。

　　 点击此处，阅读论文。

　　 Five-year effectiveness of short messaging service (SMS) for pre-diabetes

在相同条件下生长于富营养培养基中和生长于氧化应激条件下的11种酵母菌种属的转录组学数据

　　 Transcriptomics data of 11 species of yeast identically grown in rich media and oxidative stress conditions

　　 William R. Blevins et al.

　　 DOI: 10.1186/s13104-019-4286-0

本研究旨在鉴定酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）中来源于原先非编码的基因组区域的转录子或无参转录子。通过这些数据，作者比较了不同种类的子囊菌的转录组信息。共获得了11种酵母菌的深度RNA测序结果，这11种酵母菌分别是酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）,奇异酿酒酵母（Saccharomyces paradoxus）、粟酒 裂殖酵母（Saccharomyces mikatae）、库德里阿兹威酵母（Saccharomyces kudriavzevii）、贝酵母（Saccharomyces bayanus）、Naumovia castelii酵母、Kluyveromyces lactis酵母、Lachancea waltii酵母、Lachancea thermotolerans酵母、漆酶裂殖酵母（Lachancea kluyveri）和裂殖酵母（Schizosaccharomyces pombe）。研究人员对在富营养和氧化应激条件下生长的酵母菌进行了RNA测序，为每种酵母菌构建了基因组引导的无参转录组装配物。每个样品中都包含合成的加标转录物用于确定测序平台能检测到的最低极限和无参转录组生成流程的可靠度。研究人员随后将无参转录组与参考基因注释进行了比较，并且生成了包含注释过的和新的转录子的装配物。

　　 点击此处，阅读论文。

　　 Transcriptomics data of 11 species of yeast identically grown in rich media and oxidative stress conditions

　　 （来源：科学网）

• 上一篇：数据匿名化或不足以保护个人隐私 《自然-通讯》
• 下一篇：酶燃料电池的“高山流水”