录的特异DNA序列。在原核基因启动序列的转录起始点上游-10及-35区域往往存在一些共同的或相似的序列，称为共有序列。这些共有序列中的任一碱基突变或天然变化都会影响RNA聚合酶与启动序列的结合及转录起始，因此，共有序列决定着启动序列的转录活性。操纵序列一般与启动序列毗邻或接近，其DNA序列常与启动序列交错、重叠，它是原核阻遏蛋白的结合位点。当操纵序列结合有阻遏蛋白时会阻碍RNA聚合酶与启动序列的结合，或使聚合酶不能沿DNA向前移动，阻遏转录，介导负性调节。原核操纵子还有一些具有调节功能的DNA序列，可结合激活蛋白，使RNA聚合酶活性增强，促进转录激活，介导正性调节。

    与原核操纵子模型不同，大多数真核基因调控以正性调节为主。基因表达调节机制几乎普遍涉及编码序列两侧的DNA序列，这些具有调节功能的DNA序列称为顺式作用元件。不同基因具有各自特异的顺式作用元件。与原核基因类似，在不同的真核基因顺式作用元件中也会时常发现一些共有序列存在，如TATA盒、CAAT盒等。这些共有序列就是顺式作用元件的核心序列，它们是真核皿帆聚合酶或转录调节蛋白的结合位点。顺式作用元件可位于转录起始点的上游5′旁侧区，也可位于编码序列的下游(3′旁侧区)或编码序列内或之间(即内含子序列)。根据顺式作用元件在基因中的位置、转录激活作用的性质及发挥作用的方式，可将真核基因的这些机能元件区分为启动子、增强子及沉默子。