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生信论文组队写作的一些经验

时间:2018-12-16  来源:本站  作者:

  解螺旋先锋班学员慧美/Ewen/小张/小琪四人合作的第一篇生信SCI 论文,已经接收。从开始学习解螺旋的套路课,到文章最终发表,历时三个月。本次访谈,主要由四位同学谈谈本次合作的感想,以及对于生信的初学者,该如何快速有效地学习生物信息学。

  以下文字为音频内容节选,要听全部内容,请扫文末二维码到千聊收听(由于微信限制,文中的音频只有30分钟)。

  上周,解螺旋发了《信息时代的科研,从零开始,3个月发表3分SCI》一文后,反响非常强烈,不少小伙伴在后台留言求组队。

  但由于大家分散在全国各地,只能通过网络联系,团队协作也并不容易。当时解螺旋先锋班有十几个小组完成了组队,但到现在发了文章的就两队。所以今天的会谈节目,我就采访了其中之一的小美佩琪战队,让他们分享下成功组队发文章的秘诀。

  小张,肿瘤科住院医师,从事肿瘤放射治疗领域。同时也是解螺旋讲师,主讲的Meta课程广受好评。

  其中小张是队长,负责整个项目方向的规划,以及进度的掌控;小琪和Ewen提供生信技术方面的帮助;慧美则是操刀写作。

  对于生信研究来说,最重要的就是要有一个好的研究方向,否则后面收集分析数据、论文写作都没法进行。那这四位小伙伴是怎么找研究方向的呢?

  其实一开始什么样的方向都是可以的,但最终还是要落到实处:有没有数据集支持这个方向。然后再筛下结果,有没有理想的,否则即便有数据集,这个方向也是不成立的。最后还要看下,这个数据集和方向之前有没有发过文章,如果发过的话,那原创性就没了,也是不可行的。

  一套做下来,能够做的研究方向也不是很多。最后我们找到了一个别人没有研究过的方向,通过三个数据集进行合并。

  具体的做法和Meta分析很像,也是要制定好一个检索词(MeSH),然后通过不同的组合后,去寻找可用的数据集。这和Meta分析里可用文章数量有点像,如果数据集太少,没办法产生扩大样本的结果。

  接下来的问题是帮那些想组队的小伙伴问的。他们很想知道,团队队员分散在天南地北,那么你们4个人在合作的过程当中是如何保持同步保持有效率的合作呢?因为很多合作很有可能因为不在同一个地方,然后时间上配不上,或者工作习惯上有差异,最后导致合作很不愉快。对于合作方面有什么心得可以分享?

  合作的话,首先是我们的队长小张老师非常机智,能很好的将项目拆分,并且提前把大家的工作安排好。

  需要讨论的时候会提前说好大家几点上线,后面更是摸清了每个人的工作习惯。比如小琪平时白天要做实验,基本不看手机,都是深夜上线;而慧美、Ewen都是学生,时间就比较充裕。讨论完后大家就开始分工,有问题及时在群里反馈。

  这样的话,小张的队长是非常重要的,正是因为他经验丰富,所以能很好的进行规划,拆分任务。但对于那些经验没那么丰富的小伙伴来说,他们组队后如何进行规划工作?有什么好的建议吗?

  生信和Meta的模块化形式非常明显,所以过程的构架都是确定的。多看几篇生信方面的文章,就能把整个生信的框架给分割出来。

  当然最重要的还是选题,如果一开始没有经验的话,可以先把小组要做的题目确定下来。之后分析的过程可以由单人操作,可以给一段时间去处理,如果期间碰到什么问题,再协商解决。技术问题其实并不难,看看解螺旋王老师的《生信数据挖掘套路课》,四个人应该都能解决。

  那如果解螺旋其他学员找不到一个很好的合作团队,你们觉得一个学员根据小王老师的《生信套路课》能不能solo掉一篇生信方面的套路SCI呢?

  因为里面都是用了一些免费工具、网站,并不涉及R语言、Linux方面的高深内容。根据课程内容自己做一遍,换个疾病也能发一篇SCI文章。

  由于我们是四个人,可以分散工作量,所以对于创新性和期刊分值还是有要求的。单人的话可以降低一些要求,比如把别人做了半套的生信做全,或者把别人做完的内容结合新的数据集,工作量可以小很多。

  再问一个大家非常关心的问题,当你们处理完数据、写完论文后是怎么挑选期刊的呢?

  我们是先把1-5分生信SCI杂志找了出来,准备从中挑选。选刊的时候首先对工作量进行评估,大概能投个3分水平,然后就着重整理出1-3分的期刊。我们查了期刊的IF、年文章量、审稿周期以及版面费。之后为了区分梯度,2-3分、1-2分、1分以下的期刊各选了一本备投。

  据我了解,你们在写作的过程中还在文章里留下了比较明显错误点,就是用来让审稿人提问题的,最后审稿人还果然把这些问题挑出来了。这种故意留破绽的策略其实很多文章都会采用,但怎么拿捏每个人都不一样。关于这点你们能否交流下经验呢?

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