西汉，《黄帝内经》（战国问世，西汉编订）。中医学的奠基之作，中国现存最早的一部医学。
东汉末年，张仲景《伤寒杂病论》。奠定了后世中医临床学的理论基础，被誉为“万世宝典”。
明代，李时珍《本草纲目》16世纪以前中医药学的系统总结，被誉为“东方药物巨典”。
《内经》是我国现存最早、内容较完整的一部医学理论和临床实践相结合的古典医学著作。成书约在公元前三世纪前后。这部著作并非出自一时一人的手笔，而是在长时期内由许多人参与编写而成。原书十八卷，包括《素问》和《针经》（唐以后的传本把《针经》改称为《灵枢经》）各九卷。《内经》在朴素的唯物主义观点指导下，以论述中医基础理论为重点，兼述卫生保健、临床病症、方药、针灸等多方面内容，为祖国医学的学术理论体系，奠定了广泛的基础。
阴阳学说，作为我国古代自发的唯物观和朴素的辩证法思想，在《内经》中贯串于学术体系的各个方面，用以说明人体组织结构、生理、病理、疾病的发生发展规律，并指导临床诊断和治疗。阴阳学说从事物正反两个方面的矛盾对立、相互依存、相互消长、相互转化来认识和观察事物的变化发展，认为人体阴阳的相对平衡和协调（所谓“阴平阳秘”），是维持正常生理活动必备的条件。也就是说，如果失掉人体阴阳这种相对的平衡和协调，就会产生疾病。拿发热这个症状来说，阳盛可以引起，阴虚也可以引起，病因、病理各不相同。如何区别？又须结合患者发热的特点和其他临床表现进行整体分析。这种整体观念在后世医学又有所丰富和发展，是中医诊疗和分析病症的主要思想方法之一。
脏腑、经络学说，是中医独特的理论体系中用以说明生理、病理的重要理论。《内经》关于脏腑、经络的论述，已经比较系统和全面。《内经》介绍脏腑功能，有一段不平凡的记载。《素问·经脉别论》提到饮食经过胃和消化系的吸收，其中水谷精微之气，散之于肝；精气的浓浊部分，上至于心，由心脏输送精气滋养血脉，血脉中的水谷精气，汇流于肺，所谓“肺朝百脉”；由肺（通过心）再把精气转输到全身，包括体表皮毛和体内脏腑等组织。这是对人体体循环和肺循环概况的大致正确的论述。《素问》还提出“心主身之血脉”和“经脉流行不止，环周不休”的理论，表达了心脏和血脉的关系和血液循环的概念。
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