实验室诊断方面,包括皮肤活组织检查和基因检测。近年来,EB的诊断提倡使用免疫荧光或免疫组织化,而后进行相应基因测序确定致病基因位点,这种方法被称为“洋葱皮诊断方法”。皮肤免疫荧光显微镜检査(immunofluorescence microscopy,IFM)是EB诊断的第1步,在多数情况下可以确定亚型。IFM可以对EB的特殊蛋白质进行染色,通过染色强度来区分亚型。如果IFM显示正常或无法区分亚型,诊断可以由透射电子显微镜检查(transmission electron microscopy,TEM)确定。对于EB的诊断,活组织检查的取材较为关键,无论是进行IFM还是TEM,都需要取新鲜水疱。当水疱超过12h,水解蛋白质抗原降解或表皮细胞再生对诊断都会有影响。因花费髙、周期长、度有限等原因,基因检测不是诊断的一线方案,世界范围内仅有几个诊断性或研究实验室可进行EB的基因检测。