功能性消化不良（functional dyspepsia，FD）是一种非常普遍的胃肠道功能失衡，多种发病机制可能参与其中，但潜在的致病机制尚不清楚。目前针对FD的治疗并不统一，不少医师采用经验性治疗。如何更深入了解FD发病的病理生理学异常，并进行有针对性的治疗，也是目前的研究热点。
罗马III关于FD的诊断标准为：症状必须包括餐后饱胀不适、早饱感、上腹痛、上腹烧灼感中的一项或多项，且没有可以解释上述症状的功能性疾病；诊断前症状出现至少6个月，近3个月满足以上标准。根据患者的症状，可将FD分为2个亚型：餐后不适综合征（postprandial distress syndrome，PDS）和上腹疼痛综合征（epigastric pain syndrome，EPS）。
多种病理生理学机制参与FD的发病，包括：胃排空延迟、胃窦的动力减弱及肠道运动失常、胃容受性下降、幽门螺旋杆菌感染、内脏性增加、十二指肠对酸的性异常、乳糖不耐受、巨噬细胞和嗜酸性粒细胞的浸润以及因素等。
有25%～50%的FD患者存在胃排空延迟。虽然一些研究发现餐后饱胀和剧烈等特定症状与FD患者胃排空延迟有关，但随后大规模多中心的临床研究未发现两者之间存在关联性。甚至有一小部分FD患者（约5%）存在胃排空加快，因此对这一部分患者使用促动力药物可能会加重其消化不良的症状。
不少研究者采用恒压器、超声显像、ECT等检查发现至少40%FD患者存在胃容受性异常。Tack等研究发现近端胃对食物的容受性受损与FD患者早饱症状及体质量减轻的发生有关。而另一项研究并未发现两者之间的关联性。
有研究报道FD患者还存在其他的动力功能紊乱，包括胃底收缩节律异常、胃电节律异常、胃-十二指肠动力障碍等，但这些动力功能紊乱与FD的症状之间是否存在联系，目前尚不清楚。
内脏感觉的阈值下降，是功能性胃肠病的几个主要的发病机制之一。FD的内脏高是指患者对胃内机械性刺激或化学性刺激的性增加，从而产生消化不良的症状。内脏高产生的机制尚不清楚，目前认为与脑-肠轴功能改变密切相关。
FD患者存在对机械性刺激的高性是最早被认识的。用恒压器球囊扩张FD患者的胃或空肠发现，与健康志愿者相比，FD患者在较低压力阈值时即产生内脏痛或不适。Tack等研究显示胃的高性与后腹痛、嗳气和体质量减轻有关。中枢神经系统对胃刺激传入信息的异常处理是内脏高机制之一，已有报道健康受试者胃扩张刺激时其感觉产生的中枢区域亦发生变化。Vanden-berghe等对13例FD患者研究发现：近端胃扩张激活了外侧痛觉系统和双侧额叶脑回的部分区域，从而使患者产生饥饿感和早饱感。
FD患者除了对机械性扩张高之外，其胃肠道黏膜对化学刺激也存在高性，但相关机制还不是很清楚。有研究认为辣椒素的传入神经参与控制胃肠道感觉功能，TRPV1的上调是高性的潜在机制。Hammer等对摄入辣椒素胶囊的健康受试者和FD患者研究发现，FD患者能引出更明显的消化道症状。另有研究发现对正常受试者食管进行酸灌注可增强胃对扩张刺激的性。在部分FD患者，十二指肠盐酸灌注可诱发恶心症状，提示患者对酸高，而健康对照人群则未出现该现象。进一步研究观察到十二指肠酸化增加了近端胃的机械性，近端胃的松弛，近端胃对摄入食物的容受性。这些研究均支持FD患者对化学刺激的高性。研究表明，内脏高以及电生理失调是幼儿FD治疗靶点。
内脏的高性是FD发病机制其中之一，但内脏高的产生到底是由于外周神经末梢感受器的功能异常，还是脊髓传递或大脑中枢处理感觉冲动的功能发生改变所致，抑或两种因素共存，仍是亟待解决的冋题。
尽管Hp阳性与Hp阴性FD患者相比，其消化不良症状的发病率与严重程度、胃排空率、餐后胃弛缓等情况并无显著性差别。但不少研究发现，Hp根除治疗的确能减轻一小部分FD患者的消化不良症状。最近的一项Meta分析显示平均对14例抑阳性患者行根除Hp治疗可使1例FD患者症状得到缓解。
Tack等最早认识到感染后消化不良的存在。在一项大型回顾性研究中发现一部分FD患者曾有急性胃肠炎史，这种感染后的FD比其他FD患者更容易出现早饱、体质量减轻、恶心、症状，且近端胃的容受性明显下降，但在胃排空延迟和胃扩张的性方面与其他FD患者无明显差异。因此他们认为感染后FD患者的这种容受性受损可能与胃神经元功能障碍有关。
在一项儿童FD患者的研究中发现：肥大细胞与黏膜神经纤维密切相关，并类胰蛋白酶，而后者需要黏膜神经纤维上的蛋白酶激活受体来激活。另有研究发现FD症状与十二指肠嗜酸粒细胞轻度浸润和脱颗粒明显有关。
国内有研究对FD患者进行问卷调査，结果显示FD患者存在抑郁、焦虑、性格内向、人际关系紧张等心理异常，而应激事件可能是促成FD发病的重要原因。Koloski等研究显示焦虑是FD明显的、的预测因子。一项随机对照病例交叉实验显示联合抗抑郁及抗焦虑治疗有助于短期FD症状的缓解。Aro等使用罗马III诊断标准对普通人群进行研究，进一步探讨了心理因素与FD亚型的关系：焦虑而非抑郁，与FD以及PDS亚型相关，而与EPS亚型无关。焦虑程度与PDS之间的相关性，可能与胃的容纳性舒张以及内脏高性有关，但是这些功能是否及如何通过中枢调控还有待进一步研究。
对部分FD患者而言，某些特定食物会诱发其消化不良症状，比如高脂饮食、咖啡等也有研究显示，吸烟与FD患者的感染无关，而饮酒与FD患者的Hp感染相关。关于FD患者饮食习惯和生活方式的调整，目前缺乏相关的临床研究，戒烟戒酒对于改善FD症状可能是有益的，虽然疗效尚不确定。
诸多研究均FD与Hp感染之间存在密切联系。研究发现，持续感染可导致黏膜不同程度的急慢性炎症，进一步可导致胃黏膜萎缩、肠上皮化生甚至上皮内瘤变的发生。而根除治疗可改善胃黏膜炎症，延缓萎缩、肠上皮化生等病变的进展，减少消化道溃疡、肿瘤的发生率。目前FD治疗指南也提出若应用抑酸、促动力剂治疗无效，推荐Hp的检测和根除治疗。
若FD患者合并有胃食管反流病，尤其是具有典型的反酸、烧心等症状时，抑酸药物疗效显著。有表明，以上腹痛或上腹烧灼感为主要症状的FD患者使用PPI制剂，其疗效要优于安慰剂。而以上腹饱胀、早饱为主要症状的FD患者，其使用PPI制剂的疗效并不优于安慰剂。
促动力药是一类通过刺激平滑肌收缩从而增强胃排空及小肠转运的药物。常用的促动力药有甲氧氯普胺、多潘立酮、莫沙必利、伊托必利等。促动力药对FD疗效的研究很多是围绕于西沙必利，但该药因为心血管系统的不良反应，已经禁用。莫沙必利因为作用机制与西沙比利类似，而无心血管系统的不良反应临床中可替代西沙比利使用。伊托必利是一种新型的促动力药，国内有研究显示伊托必利疗效与莫沙必利相近，但其对餐后饱胀不适症状的改善作用要优于后者。国外研究显示伊托必利的安全性和耐受性与安慰剂相似，但可明显升高体内催乳素水平。甲氧氯普胺可导致中枢神经系统的不良反应，尤其是不可逆转的迟发性运动障碍，很大程度上了其在临床中的应用。国外荟萃分析报道促动力药整体的疗效要优于安慰剂，对于PDS亚型的患者是很合理的选择。
FD患者常伴有抑郁或者焦虑等负面情绪。因此抗抑郁药物对于缓解FD患者的症状有一定的作用。抗抑郁药包括传统的三环类、单胺氧化酶拮抗剂、四环类等药物，和选择性5-羟色胺再摄取剂，如氟西汀（百忧解）和帕罗西汀（塞罗特）等。国外研究报道抗抑郁药物对于FD的治疗有效。国内也有研究抗抑郁焦虑药可改善功能性胃肠病患者的情绪异常，缓解其症状，且联合其他药物使用时疗效更显著。目前认为对抑酸和促动力治疗无效、且伴有明显心理障碍的患者，可选择抗抑郁药治疗。
目前已有不少研究认为心理治疗方法包括认知行为疗法和治疗应用于FD患者，可使部分患者受益。Soo等在综述中系统分析了认知行为疗法、放松疗法，疗法、意象引导等心理干预措施对非溃疡性消化不良患者症状的改善作用，发现所涉及的研究均提示心理千预对改善消化不良症状是有效的，且疗效可持续1年。
胃肠电刺激是一种治疗胃肠动力障碍性疾病的新方法。Liu等研究发现经皮电针刺激能改善FD患者的消化不良症状，这种改善作用可能与高频的心率变异性增加和神经肽Y的调节相关。另有不少动物及人体试验表明短波胃电刺激可缓解消化不良症状。目前已被FDA批准应用于药物治疗失败的FD患者。
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