自2007年以来,美国国立卫生研究院主持并启动了人类微生物基因组计划[3](human microbiome project); 后欧盟资助的“人类肠道宏基因组计划[4]”(metagenomics of the human intestinal tract, Meta HIT)开始进行迄今最大的肠道细菌基因研究, 这标志着肠道宏基因组研究的时代已经到来。目前研究人员已经开展了 1 000 多种细菌基因组的测序工作, 这些参考细菌基因组主要来源于人体胃肠道、呼吸道、口腔和皮肤[5], 而且其他非细菌性微生物的序列也将会被测定, 最终这个数据库将包含3 000 多种微生物基因序列[6]。